本发明公开了一种多杀菌素与辣根素复配组合物及其应用。该复配组合物的有效成分包括多杀菌素与辣根素。本发明采用本技术领域的方法可以将复配组合物制成水乳剂、微乳剂、悬浮剂、可湿性粉剂或水分散粒剂等。本发明所述的多杀菌素与辣根素复配组合物作为粮食储藏的防护剂具有明显的增效作用,杀虫毒力明显高于任何一个单剂,具备杀虫防霉双重功效且杀虫谱和防霉谱广。