本发明公开了一种粮食和/或其副产物中真菌毒素的生物降解方法。该方法以被真菌毒素污染的粮食和/或其副产物为原料,利用含有真菌毒素降解酶基因的工程菌进行发酵生产乙醇,并进一步将乙醇生产工艺中的副产物制成酒糟蛋白,该酒糟蛋白中真菌毒素的含量可达到国家限量标准以下,并可用于动物饲料等用途,解决了现有发酵生产乙醇工艺中产生的酒糟因真菌毒素超标无法有效利用,并污染环境的重大问题。