本发明公开了高效降解两种真菌毒素的工程菌及应用。在本发明所述的工程菌中导入了脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)和玉米赤霉烯酮(ZEN)两种真菌毒素的高效降解酶的编码基因,得到具有高效降解DON和ZEN两种毒素能力的工程菌。该工程菌可直接有效地应用于真菌毒素的削减。