本发明公开了一种玉米赤霉烯酮降解酶及其编码基因与应用,该酶来源于粉红粘帚霉(Gliocladiumroseum),是如下(a)或(b)的蛋白质：(a)由序列表中的SEQIDNO：1的氨基酸残基序列组成的蛋白质；(b)将序列表中的SEQIDNO：1氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加具有降解玉米赤霉烯酮活性的由SEQIDNO：1衍生的蛋白质。本发明所述的玉米赤霉烯酮降解酶对玉米赤霉烯酮(ZEN)具有高效降解作用。