本发明公开了一种利用小麦淀粉加工副产物戊聚糖浆生产富含功能性低聚糖饲料的方法。该方法包括将小麦淀粉加工副产物戊聚糖浆、麦麸和酵母膏混匀,然后经黑曲霉发酵,发酵产物离心,取上清液,即得到富含功能性低聚糖饲料。本发明所述方法将小麦淀粉加工过程中的废弃物作为原料制成了促进动物肠道健康、增强机体免疫力和提高生产性能的动物饲料。